台灣於民國三十九年實施地方自治後，鄉鎮縣轄市長選舉依照各縣市實施地方自治綱要之規定，制訂「台灣省鄉鎮縣轄市區長選舉罷免規程」一種，呈請中央核准公佈施行，改為公民直接選舉。本市於民國七十年十二月二十五日升格為縣轄市，第八屆鎮長亦改為第一屆市長，另外第四屆市長顏繼斌於民國八十一年四月十二日病逝任內，經補選黃金鏞繼任。民國九十九年十二月二十五日臺南縣市合併，臺南縣新營市改為臺南市新營區，新營市公法人地位走入歷史。
茲列新營直接民選市（鎮）長名錄如下：

屆別	職別	姓名	任期	備註
第三任	區長	翁振祥	民國110年4月14日
第二任	區長	魏文貴	民國107年1月31日~110年4月14日
第一任	區長	張睿民	民國99年12月26日~107年1月31日	民國99年12月25日臺南縣市合併，臺南縣新營市改為臺南市新營區
第八屆	市長	李宗智	民國95年3月1日~99年12月25日
第七屆	市長	李宗智	民國91年3月1日~95年2月28日
第六屆	市長	陳慶泰	民國87年3月1日~91年2月28日
第五屆	市長	黃金鏞	民國83年3月1日~87年2月28日
第四屆	市長	黃金鏞	民國81年8月1日~83年2月28日
第四屆	市長	顏繼斌	民國79年3月1日~81年4月12日	顏繼斌於民國81年4月12日病逝任內，補選黃金鏞繼任。
第三屆	市長	顏繼斌	民國75年3月1日~79年2月28日
第二屆	市長	林加直	民國71年3月1日~75年2月28日
第八屆第一屆	鎮長市長	周金澤	民國67年3月1日~71年2月28日	民國70年12月25日升格為市
第七屆	鎮長	陳哲仁	民國62年4月1日~67年2月28日
第六屆	鎮長	陳哲仁	民國57年3月1日~62年3月31日
第五屆	鎮長	沈祖龍	民國53年3月1日~57年2月28日
第四屆	鎮長	沈祖龍	民國49年1月15日~53年2月28日
第三屆	鎮長	沈銀來	民國45年8月1日~49年1月14日
第二屆	鎮長	沈銀來	民國42年8月1日~45年7月31日
第一屆	鎮長	沈銀來	民國40年8月1日~42年7月31日

民國三十五年由台灣省行政長官公署依照中央頒佈之縣市各級組織綱要，縣市組織法及有關法規規定，制訂「台灣省各縣市鄉鎮長選舉辦法」付諸實施。此種選舉，係由各鄉鎮縣轄市區民代表會間接選舉產生，在民國以後已舉行兩次第一屆任期規定為二年，連選得連任，第二屆任期延至三十九年台灣實施地方自治，公民直接選舉第一屆鎮長為止。茲列間接民選鎮長名錄如下：

屆別	職別	姓名	任期	備註
第二屆	鎮長	沈銀來	民國37年11月1日~40年8月1日
第一屆	鎮長	沈瓊南	民國35年11月~37年10月31日	更名沈義人