台南市青少年與兒童第一、二劑（基礎劑）COVID-19疫苗除了透過校園集中接種之外，也可經由網路預約接種；
5至11歲學童適用兒童BNT疫苗、12至17歲青少年則適用接種成人BNT疫苗，6至17歲的市民除了BNT疫苗外，也可選擇接種莫德納疫苗。
莫德納疫苗已開放6至11歲學童、12-17歲青少年網路預約及門診接種，BNT疫苗將自5/23起開放網路預約、5/30 起開始門診接種作業，符合接種資格的市民請至「台南 COVID-19 疫苗接種預約系統」 https://health-reservation.tainan.gov.tw/ 預約。

為加速疫調及居家照護派案作業，確診民眾填報「確診者自主疫調回報系統」時，送出前請務必確認資料正確性，才能收到隔離通知書；如需要修改，於初次填報24小時內可至原連結進行編輯1次，但編輯1次後、或超過初次填報24小時後，便無法再以透過原連結或由衛生單位編輯方式修改。