為保障原住民投票秘密，相關措施如下：
一、原住民選舉人之投票隱私權向來受高度重視，本次第16任總統副總統及第11屆立法委員選舉，以同里集中設置1原住民投票所為原則，倘集中原住民投票所後仍有1投票所僅1名山地或平地原住民選舉人之情形，需跨里異動投票所，各區公所(選務作業中心)將先行徵詢該原住民選舉人之意願後，辦理投票所異動。徵詢作業預計於10月26日至11月7日進行。
二、前揭原住民選舉人投票所設置及徵詢，由各區公所辦理相關作業，於兼顧投票便利與維護投票秘密之前提下，朝集中原住民投票所與提高辦理徵詢原住民選舉人投票所異動回復方向改善，原住民選舉人如遇各區公所進行投票所異動徵詢時，請惠予協助回復，以加強維護原住民選舉人投票秘密。
三、原住民選舉人如收到投票通知單時，請注意投票通知單上之投票地點，各投票所外亦會張貼投票所查詢QRCode，供民眾查詢投票所位置。