南市流感疫苗與新冠JN.1疫苗自10月1日起同步施打，首波接種對象包括65歲以上長者、學齡前幼兒、醫事及衛生防疫人員等11類對象。第二階段自11月1日開始，流感疫苗對象為50至64歲無高風險慢性病成人，新冠JN.1疫苗則是為出生滿6個月以上民眾皆可接種。
黃偉哲市長特別呼籲，颱風逐漸遠離，清理家園務必做好防護避免類鼻疽等傳染病外，市民朋友也應盡快規劃前往接種流感與新冠疫苗，可透過「台南打疫苗」系統預約或至合約院所、社區接種站隨到隨打，避免病毒威脅。為提高疫苗接種的可近性，南市各轄區將於假日持續在社區加開接種站，符合接種對象者可靈活安排接種行程；此外，親友（符合第二階段資格者）若陪同第一階段對象前來接種亦可同步接種新冠JN.1疫苗，不必等至11月1日，提升了疫苗施打的便利性。
衛生局局長李翠鳳強調，之前接種疫苗的保護力已隨病毒變異而降低，接種新型病毒珠的疫苗才能避免染疫及預防重症的最佳方式。此外，除了接種疫苗，也應保持良好的個人衛生習慣，勤洗手、戴口罩，若出現發燒、咳嗽等症狀，請儘速就醫並居家休息，避免接觸年長者或免疫力低下者，以減少病毒傳播風險。