延平郡王鄭成功為反清復明工作，為備清兵來襲，屯營於此，因此先有「舊營」，後有「新營」，舊營約在鹽水區南方兩公里處。
清康熙時新營為諸羅縣大奎壁村，乾隆以後，則屬嘉義縣（原諸羅縣）太子宮堡及部份鐵線橋堡。
日治時代大正九年10月地方改制，改隸屬於太子宮之下，稱為「太子宮堡新營庄」，後經改制，屬「台南州新營鎮新營庄」，後改為新營街，為新營郡所在地。
民國34年（1945年）改街為鎮，為台南縣政府所在地。從此取代了鹽水鎮的地位；民國70年又改制為縣轄市，本市更成為嘉南平原上重要農產集散地及地方行政中心。
民國九十九年十二月二十五日，台南縣、市合併改制為直轄市，新營市由公法人團體地位改為區。